شهرداری خمینی شهر از پنج معاونت تشکیل شده است:

• معاونت برنامه ریزی و توسعه منابع انسانی
• معاون امور زیربنایی و حمل و نقل شهری
• معاونت شهرسازی
• معاونت خدمات شهری
• معاونت امور فرهنگی، اجتماعی ورزشی