شهرداری خمینی شهر از پنج معاونت تشکیل شده است:
• معاونت برنامه ریزی و توسعه منابع انسانی• معاون امور زیربنایی و حمل و نقل شهری• معاونت شهرسازی• معاونت خدمات شهری• معاونت امور فرهنگی، اجتماعی ورزشی